Tendo em conta os usos e atividades existentes e emergentes  no Mar, foram criados grupos de trabalho para acompanhar a elaboração do PSOEM (áreas marítimas do Continente e Plataforma Estendida). Para as áreas do Continente e Plataforma Estendida, a DGRM coordena os GT, que têm o acompanhamento da DGPM; a DROTA coordena os GT do PSOEM-Madeira.

Os grupos de trabalho reúnem as entidades públicas relevantes na tomada de decisão sobre cada uma dos usos e atividades:

– Continente e Plataforma Estendida:

• GT 1 – Defesa, Segurança e Navegação
• GT2 – Culturas marinhas de organismos vivos, Biotecnologia
• GT 3 – Conservação da Natureza e Investigação Científica
• GT 4 – Recursos Minerais e Energéticos e Infraestruturas
• GT 5 – Recreio, Desporto, Turismo, Património cultural subaquático e Afundamento de navios
• GT 6 – Imersão de dragados e Manchas de empréstimo

– Madeira:

• GT 1 – Defesa, Segurança e Navegação
• GT2  – Conservação da Natureza
• GT 3 – Turismo e Lazer
• GT 4 – Investigação Científica e Atividades e Usos Emergentes
• GT 5 – Desenvolvimento Territorial