O PSOEM foi sujeito a Avaliação Ambiental (AA), nos termos do regime relativo à avaliação dos efeitos de determinados planos e programas no ambiente.

Atendendo a que o PSOEM se consubstancia num documento único, permitindo uma visão holística e integrada do espaço marítimo nacional, também a AA, pelas mesmas razões, foi desenvolvida num único procedimento, a cargo da DGRM, com recurso a contratação externa, em colaboração com a DRAM e DROTA.